Por ocasião da 2ª Guerra Mundial, foi criado o Comando Naval do Centro, em 1943, sendo seu primeiro Comandante o Contra-Almirante DURVAL DE OLIVEIRA TEIXEIRA. O 1º Distrito Naval compreenderia os estados do Espírito Santo, Rio de Janeiro e o então Distrito Federal, com sede neste último. Os Distritos criados nunca foram instalados e suas atribuições eram executadas pelas Bases Navais.

Somente em 31 de agosto de 1942, em virtude do Estado de Guerra, foi o território nacional dividido em Comandos Navais (Norte, Nordeste, Leste, Centro, Sul e Mato Grosso), através do Decreto nº 10.359.

O Comando Naval do Centro compreendia as áreas dos estados do Rio de Janeiro, São Paulo e o então Distrito Federal, com sede no Rio.

Estes Comandos Navais foram, para efeito da defesa nacional, transformados em seis Distritos Navais pelo Decreto nº 8.181, de 19 de novembro de 1945. Por este Decreto-Lei, ao 1º Distrito Naval foram atribuídas as áreas dos Estados do Espírito Santo, Rio de Janeiro, Minas Gerais, parte do Estado de Goiás (do Município de Porto Nacional, exclusive, para o Sul), São Paulo, o então Distrito Federal e as ilhas da Trindade e Martin Vaz. O 1º Distrito Naval teve sua implantação datada de 4 de dezembro de 1945, assumindo o Comando o Almirante Flávio Figueiredo de Medeiros.