A missão da OCM é contribuir para a eficácia do Sistema de Saúde da Marinha (SSM), no que concerne ao Subsistema Assistencial com a realização das seguintes tarefas (Regulamento da OCM):

• Prestar Assistência Odontológica no Eixo da Atenção Especializada de Média Complexidade;

• Planejar e executar Programas de Prevenção Odontológica, sob a supervisão do Centro Médico Assistencial da Marinha (CMAM);

• Desenvolver pesquisas ligadas à área odontológica, de interesse para a Marinha do Brasil (MB), sob a supervisão do Instituto de Pesquisas Biomédicas do Hospital Naval Marcílio Dias; e

• Executar e subsidiar o planejamento de palestras, cursos expeditos, cursos especiais, cursos de aperfeiçoamento, relativos à área odontológica, sob a supervisão técnica da Escola de Saúde da Marinha (ESM).