O marco inicial dos empreendimentos escolares voltados à formação de pessoal para a Marinha Mercante foi a criação, em 1892, em Belém do Pará, da Escola de Maquinistas e do Curso de Náutica. Em 1907, a Escola e o Curso foram fundidos e transformados na Escola de Marinha Mercante do Pará, cuja localização era justificada, uma vez que, a Amazônia atuava como um dos pólos no eixo da borracha e abrigava pequenos estaleiros para a construção e reparação de navios que serviam ao interesse daquele comércio.

Insuficiente para o crescente número de alunos, essa escola foi extinta pela Lei nº 2801 de 18 de junho de 1956, que criou em seu lugar, a Escola de Marinha Mercante do Ministério da Marinha, edificada e instalada na Avenida Brasil, 9020, junto ao mar, com capacidade inicial de formar 80 Oficiais por ano, nos cursos de Náutica, Máquinas e Câmara.

O surto de desenvolvimento planificado que surgiu no país, a partir de 1964, e o laborioso trabalho realizado pela Diretoria de Portos e Costas, que empreendeu completo e cuidadoso levantamento sobre as necessidades da frota mercante brasileira, em expansão, resultaram na aprovação pelo Congresso Nacional da Lei nº 5461, de 25 de junho de 1968, que destinou à Marinha do Brasil, as contribuições devidas pelas empresas marítimas ao Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial, incitando a criação do Fundo de Desenvolvimento do Ensino Profissional Marítimo, regulamentado pelo Decreto-Lei nº 828, de 05 de setembro de 1969.

No final do ano de 1969, foi realizado o primeiro censo marítimo com a finalidade de catalogar as informações sobre a distribuição dos marítimos por escolaridade, regiões sócio-econômicas e regiões interiores, nas principais bacias hidrográficas. Seguiram-se dois planejamentos, baseados nas informações do censo: um para atender às necessidades imediatas e prementes do programa de renovação da Marinha Mercante; e outro, a longo prazo, visando solucionar, de modo sistemático e dinâmico, a formação de tripulantes para a frota renovada que começava a se multiplicar.

Fruto deste planejamento, com o apoio da Organização Marítima Internacional, a Escola de Marinha Mercante foi transformada, pelo Decreto nº 68.042, de 12 de janeiro de 1971, no Centro de Instrução Almirante Graça Aranha (CIAGA), um dos mais modernos e eficientes estabelecimentos de Ensino Profissional Marítimo do mundo, uma verdadeira Universidade do Mar, onde todas as categorias de uma tripulação pudessem desfrutar do ensino técnico profissional e complementar, essencialmente sintonizado com os propósitos de nossa frota mercante.

Suas atividades foram regulamentadas pela Portaria no 0678, de 11 de julho de 1972, do Ministério da Marinha e sua construção foi concluída em 1973. Em 08 de outubro de 1974 teve novo Regulamento aprovado pelo Ministro da Marinha, pela Portaria no 1033, posteriormente, alterado pelas Portarias Ministeriais no 0893, de 13 de junho de 1980 e no 1450, de 01 de outubro de 1981. Revogadas as Portarias de regulamentação e de alteração pela Portaria Ministerial no 0337, de 19 de maio de 1994, o CIAGA passou a ter suas atividades regulamentadas pela Portaria no 0071, de 31 de maio de 1994, do Chefe do Estado Maior da Armada. Posteriormente, um novo Regulamento foi aprovado pela Portaria no 0028, de 14 de fevereiro de 1997, do Comandante de Operações Navais. Revogada esta última, passa a ter suas atividades e organização estruturadas pelo regulamento aprovado pela Portaria no 0002 de 04 de Fevereiro de 1999, do Diretor Geral de Navegação.