O CHN-6 foi criado pelo Decreto no 61.541, de 13 de outubro de 1967, tendo sido instalado por meio do Aviso Ministerial no 0658, de 18 de março de 1955, com a denominação de Serviço de Sinalização Náutica do Mato Grosso, e confirmado pelo Aviso no 3070, de 12 de dezembro de 1967, quando teve alterada sua denominação para Serviço de Sinalização Náutica do Oeste.

Inicialmente, suas dependências eram no próprio prédio do Com6ºDN, sendo utilizadas algumas salas da ala leste, onde funcionavam a sala do Encarregado, a secretaria e o depósito de material. Seu primeiro Encarregado foi o Capitão de Corveta Fernando Pereira das Neves.

Em 1973 foi criada, com sede em Ladário, a Comissão de Levantamentos do Rio Paraguai (COLEPA) e iniciado o levantamento do rio Paraguai, no trecho entre Corumbá (Mato Grosso) e Assunção, no Paraguai. Em 1985, com a desativação da COLEPA, as atividades hidrográficas na Hidrovia Paraguai-Paraná (HPP) foram diminuídas. A partir deste ponto, o então SSN-6 assumiu a responsabilidade de realizar levantamentos hidrográficos sistemáticos, em acréscimo a sua responsabilidade de manter a eficácia da sinalização náutica.

Em 1986, foram construídas duas Lanchas Balizadoras de Águas Interiores (LBAI) – a “LBAI Piracema” e a “LBAI Lufada” – embarcações que ainda hoje estão em operação. As LBAI foram construídas no estaleiro MacLaren, em Niterói, com a orientação do Centro de Sinalização Náutica Almirante Moraes Rego (CAMR). Em 1987, essas embarcações sofreram algumas modificações de modo a melhor adequá-las às fainas realizadas.

Em julho de 1999, foi inaugurada a nova e definitiva sede do então SSN-6, com instalações amplas e modernas, o que possibilitou o melhor cumprimento de suas inúmeras atribuições.

Em dezembro de 2013, o Termo de Cooperação nº 370/2009, celebrado entre o Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes – DNIT e a Marinha do Brasil, possibilitou a compra por oportunidade do Aviso Hidroceanográfico Fluvial Caravelas (AvHoFlu “Caravelas”), o qual foi incorporado à Armada em 2 de maio de 2014 como meio subordinado ao SSN-6.

Em 2015, o Termo de Execução Descentralizada Nº716/2015-DAQ-DNIT/MB permitiu a aquisição da Lancha DGS 888 Survey, equipada com ecobatímetro multifeixe, e da Lancha DGS 777 Survey, equipada com ecobatímetro monofeixe. Construídas pela DGS INDUSTRIAL LTDA no Rio de Janeiro, as lanchas DGS 777 e DGS 888 permitiram o aumento do volume dos dados batimétricos produzidos.

Em janeiro de 2020, o SSN-6 teve sua denominação alterada para Centro de Hidrografia e Navegação do Oeste (CHN-6) por meio da Portaria Nº 11/MB, de 10 de janeiro de 2020. A alteração foi a concretização de mais uma etapa do processo de reestruturação dos setores de hidrografia e cartografia dos Serviços de Sinalização Náutica do Norte (SSN-4), do Oeste (SSN-6) e do Noroeste (SSN-9), proposto pela Diretoria de Hidrografia e Navegação (DHN) no Ofício Nº 363/DHN, de 30 de Outubro de 2018, com o propósito de aumentar a celeridade da atualização cartográfica nas respectivas regiões.