A Capitania Fluvial do Araguaia-Tocantins (CFAT) foi criada por meio do Decreto nº 81.591, de 20 de abril de 1978, com a denominação de Capitania dos Portos do Estado de Goiás e Distrito Federal, com sede em Goiânia-GO. Teve sua denominação alterada Capitania dos de Goiás, Tocantins e Distrito Federal pelo Decreto nº 97.537, de 21 de fevereiro de 1989, em virtude da criação do Estado do Tocantins, sendo transferida para Brasília-DF, pelo Decreto n° 98.494, de 11 de dezembro de 1989. Finalmente, sua denominação foi alterada para Capitania Fluvial do Araguaia-Tocantins pela Portaria Ministerial n° 150, de 16 de maio de 1997, transferindo-se para a cidade de Palmas em 17 de maio de 2000.
