A CCA-IMO é composta por representantes dos seguintes órgãos:
- Ministério da Defesa, que a coordenará por meio do Comando da Marinha;
- Ministério da Agricultura e Pecuária;
- Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação;
- Ministério das Comunicações;
- Ministério do Desenvolvimento, Indústria, Comércio e Serviços;
- Ministério da Fazenda;
- Ministério da Justiça e Segurança Pública;
- Ministério do Meio Ambiente e Mudança do Clima;
- Ministério de Minas e Energia;
- Ministério da Pesca e Aquicultura;
- Ministério de Portos e Aeroportos;
- Ministério das Relações Exteriores; e
- Ministério do Trabalho e Emprego.
A Agência Nacional de Transportes Aquaviários (ANTAQ) participará das reuniões da CCA-IMO na condição de convidada permanente, sem direito a voto.
O Chefe do Estado-Maior da Armada é o Coordenador da CCA-IMO, por delegação de competência do Comandante da Marinha (CM), e o Subchefe de Assuntos Marítimos do Estado-Maior da Armada sé o Coordenador-Adjunto da CCA-IMO.
Cada membro da Comissão terá um suplente, que o substituirá em suas ausências e impedimentos.
Os membros da CCA-IMO e respectivos suplentes são indicados pelos titulares dos órgãos que representam e designados por ato do Coordenador da Comissão.