Em 9 de junho de 1975, o CASNAV é criado com a finalidade de realizar a avaliação operacional e otimizar o emprego das Fragatas Classe Niterói, primeira classe de navios da Marinha a empregar sistemas digitais para operar suas armas e sensores

Em 1993, o CASNAV é reconhecido como órgão da área de Ciência e Tecnologia da Administração Pública Federal Direta.

Em 1997, o CASNAV passa a realizar suas atividades como uma Organização Militar Prestadora de Serviços de Ciência e Tecnologia.

Em 2003, obteve a certificação ISO 9001 de todos os seus processos finalísticos. Desde então, o CASNAV presta assessoria a outras organizações apoiando na implementação de um Sistema de Gestão da Qualidade (SGQ) visando à obtenção da certificação ISO 9001.

Em 2004, o CASNAV recebe o primeiro prêmio Nacional da Gestão Pública, na faixa bronze, promovido pelo Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão. A partir daí, vem se destacando nessa área recebendo outras premiações.

Em 2008, com a criação da Secretaria de Ciência,Tecnologia e Inovação da Marinha, o CASNAV passa à sua subordinação.

Em 2009, o Centro obtém a certificação no nível G, do Modelo de Melhoria do Processo de Software Brasileiro, o MPS.BR. E em dezembro de 2011, alcança o nível F.

No dia 4 de novembro de 2010, o Comandante da Marinha, Almirante-de-Esquadra Julio Soares de Moura Neto, inaugura as novas instalações do CASNAV. Localizado no edifício 23 do Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro, a nova sede conta com uma área de 5200m² dedicada às necessidades e características de um Centro de excelência Como resultado de mais uma parceria estratégica de sucesso, o CASNAV inaugura no dia 18 de Março de 2011 o Núcleo do Escritório de Ciência, Tecnologia e Inovação da Marinha do Brasil junto à Universidade Federal Fluminense.

Ainda no ano de 2011, o CASNAV implanta um modelo inovador de obtenção de soluções de Tecnologia da Informação criando a Divisão de Gerência de Projetos Terceirizados, que proporciona à Marinha acesso, transferência e capacitação em tecnologias, com controle, objetivo de cronogramas e compartilhamento de responsabilidades.

Visando atender às necessidades das Organizações de Marinha, o CASNAV cria a Divisão de Modelagem e Simulação. Uma infraestrutura capaz de suprir com excêlencia as demandas dos profissionais do mar.

O CASNAV começou com uma tarefa – a avaliação operacional e otimização do emprego das Fragatas Classe “Niterói”. Hoje, com a diversificação de suas áreas de atuação, são mais de 250 pessoas, com expertise em pesquisa operacional, computação, criptologia e segurança de sistemas digitais, trabalhando em cerca de 50 projetos por ano.